아마노산 곤코지는 나라시대(710~794)에 교키(8세기 승려)가 개기하였다. 헤이안 시대(794~1185)후기 아칸 쇼닌(12세기 승려)에 의해 재흥되었다. 경내는 주요 가람을 에워싼 것 같이 백여채의 별원이 배치되어 있다. 대부분의 별원은 에도 시대(1603~1868)에서 메이지 시기(1912~1926)에 걸쳐서 폐지와 통합되었지만 승방 주변의 점토 담장과 일부 남겨진 건물은 개축을 거치면서 지금도 사용되고 있다. 게다가 새롭게 대현관(쇼와 42년(1967))과 대강당 그리고 식당(쇼와 17년(1972))과 같이 신축된 것도 있는데 모두 역사적인 경관에 한몫하고 있다.