聖徳太子の創建とされ、往時は十二坊を有する大伽藍と伝えられる。延宝7年(1679)から元禄3年(1690)まで、真言宗の僧で近世国学の祖とされる契沖が住職を務め、修学の道場としても有名。母の死去を機に、現天王寺区飼差町の円殊庵に移り、元禄14年（1701）62才の生涯を終えた。境内には契沖の供養塔と慈母の墓があり府指定史跡「僧契沖妙法寺境内」に指定。本堂は享保6年(1721)再建、三間四面で宝形造本瓦しころ葺とする。御堂筋拡幅に伴い心斎橋の三津寺から江戸時代の庫裏が昭和4年(1929)に移築された。南に暗越奈良街道に面した熊野大神宮があり、歴史的景観が残る地域である。