当別院は、富田林寺内町の中心的寺院である。永禄3年（1560）に証秀上人によって建立され、本堂・客殿・庫裏・鐘楼・鼓楼を配し、城之門筋側に山門が位置している。山門は、伏見城から旧天満別院を経ての再移築とされていたが、平成24年（2012）の調査により、伏見城から京都の興正寺北門として移築され、安政4年（1857）に当別院に再移築されたことが判明した。柱間7間四方に4面の庇が回る現本堂は寛永15年（1638）の再建、庫裏は文化7年（1810）の再建で、同時に鐘楼・鼓楼も冤罪地に移された。なお、本堂は寛永期の貴重な遺構として、平成26年諸施設とともに重文に指定された。